Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Genómica e Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 45.189 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 307 concelhos de Portugal.

Segundo o relatório do INSA, a linhagem BA.5 da variante Omicron (incluindo as suas múltiplas sublinhagens) é dominante em Portugal desde a semana 19 (9 a 15 de maio), apresentando uma frequência relativa de 69,8% de acordo com a mais recente amostragem aleatória por sequenciação nas semanas 3 e 4 (16 a 29 de janeiro de 2023). A frequência relativa da linhagem BA.4 da variante Omicron tem sido residual, não tendo sido detetada nenhuma sequência nas últimas 8 semanas.

Por outro lado, a linhagem BA.2 da variante Omicron, dominante em Portugal entre as semanas 8 (21 a 27 de fevereiro) e 19 (9 a 15 de maio), apresenta desde então uma frequência relativa residual, ressurgindo recentemente sobretudo pela linhagem CH.1.1 (e suas sublinhagens), com frequência relativa de 16,3% entre as semanas 3 e 4.

No decurso da monitorização contínua realizada pelo INSA, tem-se observado a emergência de sublinhagens de interesse, com novas constelações de mutações potencialmente associadas à resistência a anticorpos neutralizantes. Em Portugal, destaca-se a intensa circulação da sublinhagem BQ.1 (e suas descendentes, em particular a BQ.1.1), a qual é dominante desde a semana 44.

Fonte: INSA

Até à data, foram identificadas 67 sequências da sublinhagem recombinante XBB em Portugal. Entre estas, realça-se a deteção de 18 sequências da sublinhagem XBB.1.5 desde a semana 49. Esta sublinhagem tem suscitado elevado interesse devido à sua capacidade de evasão ao sistema imunitário e ao seu recente aumento de frequência em vários países, nomeadamente nos EUA.

Desde abril de 2020, o INSA tem vindo a desenvolver o “Estudo da diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 (COVID-19) em Portugal”, com o objetivo principal de determinar os perfis mutacionais do SARS-CoV-2 para identificação e monitorização de cadeias de transmissão do novo coronavírus, bem como identificação de novas introduções do vírus em Portugal. Atualmente, esta monitorização contínua assenta em amostragens semanais de amplitude nacional.