Relatório de situação sobre diversidade genética do novo coronavírus SARS-CoV-2 em Portugal

O Instituto Nacional de Saúde Doutor Ricardo Jorge (INSA), através do Núcleo de Bioinformática do seu Departamento de Doenças Infeciosas, disponibiliza o mais recente relatório de situação sobre a diversidade genética do SARS-CoV-2 em Portugal. Até à data, foram analisadas 28.907 sequências do genoma do novo coronavírus, obtidas de amostras colhidas em mais de 100 laboratórios, hospitais e instituições, representando 304 concelhos de Portugal.

No âmbito da monitorização contínua da diversidade genética do SARS-CoV-2 que o INSA está a desenvolver, têm vindo a ser analisadas uma média de 523 sequências por semana desde o início de junho de 2021, provenientes de amostras colhidas aleatoriamente em laboratórios distribuídos pelos 18 distritos de Portugal continental e pelas Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, abrangendo uma média de 136 concelhos por semana.

Segundo o mais recente relatório do INSA, a frequência relativa da linhagem BA.1 atingiu um máximo na semana 2 (95,6%, 10 a 16 de janeiro), altura em que iniciou uma tendência decrescente. Em concordância, dados revistos e atualizados mostram que essa tendência decrescente na proporção de amostras positivas com “falha” na deteção do gene S (perfil SGTF) se mantém até à atualidade, registando-se uma frequência estimada de 41,8% ao dia 28 de fevereiro.

Recentemente, parte das sequências da linhagem BA.1 da variante Omicron foram reclassificadas internacionalmente, constituindo agora a sublinhagem BA.1.1, a qual se caracteriza por uma mutação adicional na ligação da proteína Spike às células humanas. Esta sublinhagem tem circulado em Portugal desde o início de dezembro e a sua frequência relativa tem aumentado progressivamente, representando cerca de 30% das sequências analisadas nas semanas 6 e 7 (7 a 20 de fevereiro) de 2022.

A linhagem BA.2 foi detetada pela primeira vez em Portugal em amostragens aleatórias por sequenciação na semana 52 (27 de dezembro de 2021 a 2 de janeiro de 2022), tendo a sua frequência relativa aumentado paulatinamente desde então. Dada a circulação residual da variante Delta (<1% na semana 5), a linhagem BA.2 pode agora ser monitorizada indiretamente através da proporção de amostras positivas não-SGTF, pelo que se estima que esta linhagem seja já dominante em Portugal, representando 58,2% das amostras positivas ao dia 28 de fevereiro de 2022.

Fonte: INSA

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