O INEM iniciou, em 2009, a implementação do Sistema de Gestão da Qualidade obtendo a certificação ISO 9001 a 22 de Julho de 2010.
Âmbitos certificados pela NP EN ISO 9001/2008:
- Formação em Emergência Médica;
- Acreditação de entidades para a formação em Emergência Médica;
- Concessão de Alvarás e/ou Certificados de Vistoria a empresas de transporte de doentes;
- Programa Nacional de Desfibrilhação Automática Externa.