O Subsistema de Transporte de Recém-Nascidos de Alto Risco funciona no INEM desde 1987.
É um serviço que presta cuidados a bebés prematuros e recém-nascidos em situação de risco, permitindo o transporte para hospitais onde existam unidades de Neonatologia.
É um meio diferente dos restantes, pois não realiza transportes primários (do local da ocorrência para o hospital) mas sim transportes secundários (entre hospitais).
As ambulâncias deste subsistema dispõem de um médico especialista, um enfermeiro e um tripulante de ambulância de socorro. Estão dotadas com o equipamento necessário à estabilização e transporte do recém-nascido.
O serviço tem uma cobertura nacional e funciona 24 horas por dia, todos os dias do ano.